有区别，两个车站的位置不同。东莞站位于东莞市石龙镇和茶山镇交界处，在广深铁路上，原石龙火车站南移后，更名为东莞站，停靠往湖南方向的管内列车和广深城际列车，距离东莞市区较近。东莞东站位于东莞市常平镇土塘社区。在京九铁路上，停靠京九铁路线上往江西、安徽、河南、山东方向的列车，距离东莞市区较远。
两个车站的价值意义
东莞站的建成解决了石龙站规模太小无法适应更大客流的问题，而且实现了石龙镇区火车站客货分工功能;不但方便了广大市民，更对沿线区域经济发展带来契机。
东莞东站不仅为常平增添了一座地标式建筑，而且对完善常平镇城市功能、提升城市品位、繁荣城市经济、增强城市承载能力和集聚能力，都具有促进作用。