1、形成原因不同：雨花石由原生、次生搬运、沉积砾石层三个复杂而漫长的阶段形成；鹅卵石是河床隆起产生的砂石山，因山洪冲击不断挤压、摩擦而成。2、产区不同：雨花石主要出产于江苏省南京市六合区；鹅卵石全国各地江河都有存在。3、成分不同：雨花石的成分以二氧化硅为主，其中红色成分为铁离子和亚铁离子；鹅卵石化学成分为二氧化硅，含有少量的氧化铁，微量的锰、铜、铝、镁等元素及化合物。
雨花石是一种天然玛瑙石，也称文石，观赏石，幸运石，主要产于南京市六合区及仪征市月塘镇一带，是南京、仪征著名的特产。雨花石是由石英、玉髓和燧石或蛋白石混合形成的珍贵宝石，也称雨花玛瑙。据传说在一千四百年之前的梁代，有位云光法师在南京南郊讲经说法，感动了上天，落花如雨，花雨落地为石，故称雨花石。讲经处遂更名雨花台。成语“天花乱坠”正由此传说而来。