南京地铁一号线站点名称分别有（自北向南）迈皋桥站、红山动物园站、南京站、新模范马路站、玄武门站、鼓楼站、珠江路站、新街口站、张府园站、三山街站、中华门站、安德门站、天隆寺站、软件大道站、花神庙站。南京南站、双龙大道站、河定桥站、胜太路站、百家湖站、小龙湾站、竹山路站、天印大道站、龙眠大道站、南医大江苏经贸学院站、南京交院站、中国药科大学站。
地铁1号线途经栖霞区、鼓楼区、玄武区、秦淮区、雨花台区和江宁区，线路北起迈皋桥站，沿南京主城南北中轴线一路南下，于安德门站向东南转至江宁东山片区，进入江宁大学城，南至中国药科大学站。
南京地铁1号线设置了先进的导向标识系统。这套系统由电子标识、语音提示系统以及分布各个角落的液晶显示系统等组成，乘客不用担心在地下宫殿迷失方向。